(何度も削除してすいません)

原因が分かったので、修正版 ver 0.7を作りました。
http://club.pep.ne.jp/~tamubun/computer/continuous-save.html

少なくとも、fb_layer.xcfでは、Windows版、Linux版共に、私のPCではゴミが付かなくなったことを確認しています。

ところで、「あふ」ってソフトの名前だったのですね。趣味の関係で「あふる」という動詞はよく使うのですが、ソフトの方は今まで知りませんでした。