WindowsのGUIシェル(explorer.exe)から操作する分にはそれほど面倒が無くてよいのですが、コマンドシェル(cmd.exe)から操作しようとすると面倒ですよね。
そんなときはcd "%USERPROFILE%\My Documents"とかGUIシェルからフォルダやファイルをコマンドシェルにDnDすると楽です。
コマンドラインユーティリティのLinkDやSUBSTを駆使して入力しやすいパスを作成する手もありますね。
また、"マイ ドキュメント"のプロパティからターゲット フォルダの場所を変更する方法もありますが、不都合が出るソフト(シェル特別フォルダを解決する関数を利用するのではなく%USERPROFILE%以下のフォルダの構造に依存しているなど)がありそうで、この方法を取ったことは無かったりします。