色を付けた後で、線を綺麗にしますよ。
各社アニメ会社にスムーサーというものがあって、それを色を付けたあとで
かけています。
これは、オートで決まった処理をするので、やりすぎると結構線がマルッとします。線がを二値化して、さらにスムーサーまでかけているので、
線の勢いを殺してしまっている！と宮崎駿とかは切れてしまってますけど、
現状の売り上げを維持しなければいけないアニメ会社は色塗りを犠牲に
原画や動画のコストを重視したという事でしょう。
今は二値化していないと色を塗れない人ばかりになってしまいました。

スムーサーは、いくつかのアニメ会社はホームページでダウンロードできる状態になってしまっているので、欲しければ、自分で探してみるといいです。

ただ、線にアンチがかかるだけなのですけど、そこにもアニメ会社の主張があるので、勉強になりますよ。