ケースに付属していたメクラ板をホットナイフで切って、小物入れを接着した状態ではめ込むのはどうっすかね？これなら材料費もかかりませんが、後でHDDを増設するときにダサいことになりますけど。
どうせならもっと貧乏臭く、プラスチックな養生テープ(はがしたときに跡が残らないやつ)で隙間をふさぐなんていかがでしょう。幸いフロントパネル部分は扉で隠せるようですし。
小物入れ自体の固定は適当なゴムあたりをくっつけてネジで止めるとか。