Blender2.69 と Unity 4.3.1f を使用してます。
rigify で使用したモデルを Unity で取り込む方法を探し求めてこのページにきましたが、
ここの方法でもできませんでした。
Mesh か Armature、どちらか単体で FBX に出力すればインポートできますが、
関連付けて FBX に出力した場合、インポートした瞬間 Unity がクラッシュしてしまいます。