映画の絵柄も誰が考えた物なのかはわかりません。
推測ですが、上の人の誰かから監督やキャラデザイナーに人に「こんな感じの絵柄でお願いします」と頼んだのかもしれません。キャラデザイナーは柳田義明氏ですが、藤森監督は共同ですが昔ポケモン映画の作画をやった事があります。
なので、藤森監督に対しても、単に「ポケモンみたいな絵柄にしてくれ」と頼んだ可能性もあります。寧ろ、そういう風な感じの映画にして欲しくてこの映画に藤森監督を起用したのかもしれませんし。上辺だけの経歴で偏見で判断したとも考えられるかと思います。もっとも絵柄だけではなく、内容面でも「この監督だったらこういう、ぬるま湯映画にぴったりだろう」という上辺だけの経歴で判断したのかもしれませんが。作者の宮西達也さんが「原作絵本と違う物にしてください」と頼まれたのもあると思いますが。

藤森監督はデザイン面で「丸っこいキャラだけど〜」「マイアサウラのお母さんのお母さんの色っぽさは想定外」と言っていますがこれだけでは藤森監督の発案かどうかわかりませんよね。