> gimp 2.2.13でちょっと確認したかぎりでは
> pngで保存すればアルファチャンネルがあっても、
> 正しく保存できてるみたいです。

わざわざありがとうございます。それは嬉しい話…

と思ったのですが、そちらのスクリプトで動作確認してみた限りでは
やはりゴミが入るようです…。
こちらの環境は、Windows版 GIMP 2.2.13 なのですが、
もしかするとそちらは Linux版だったりするのでしょうか？
だとすれば、Windows版と Linux版で動作が異なるのかもしれませんね…。