作者です。全然更新してませんが。

たむぶん版の continuous-save は保存に関しては、いっちーさんオリジナルの部分
をそのまま使っています。

取り敢えず、gimp 2.2.13でちょっと確認したかぎりでは
pngで保存すればアルファチャンネルがあっても、正しく保存できてるみたいです。