こんにちは。
ActionScript 2.0のクラスを書いていた時、UTF8nで保存すると、(日本語のコメントが入っている時に)うまくコンパイルできなくなったことがあります。エラーメッセージも「コンパイルできませんでした」みたいな大雑把なもので、原因が分からず途方にくれた事があります。UTF8で保存し直すだけでコンパイルが通るようになりました。
あとは、昔Flash MXで外部XMLを読み込むタイプのものを作った時、外部XMLがUTF8nだったら文字化けする事がありました。こちらもUTF8で保存し直すとうまくいきました(これは、Flash MX 2004…というかFlash Player 7以降で直ったような感じが)。
困ったのはそれ位ですね。