私も昔それで悩みました。

結論から言うと、
いろいろなエンコード形式の動画がごちゃごちゃあって
なにかのフォーマットにそろえようとすると
必ず問題が出てくるんですよね。

で、私の場合、最大公約数を満たす解は
そのままとっておく、でした。

全部そのままDVDにデータとして焼きこんで終わり。