[[メーラは何がいいだろう]]

MH形式ですと、1メール=1ファイルなので、inodeやFATのエントリを簡単に使い果たすのは全くその通りなので、Wanderlustのアーカイブフォルダ形式はなかなか使えるかと。MH形式の変形なので、MH形式に戻すのも簡単ですし。
MHですと フォルダ/1 フォルダ/2 とメールが保存されていますが、アーカイブフォルダ形式ですと フォルダ名.zip　になっていて、その中に 1 2 3 とメールが保存されていますのでディスクエントリの節約になります。
大量のファイルが格納されているZIPファイルを操作すると読めなくなることがありますが、ZIP形式にはcenter recordが壊れやすいという宿命があるらしく、修復するツールやcenter recordで無いファイル名を格納しているrecordを読んで展開するアーカイバなどを使うと直せるようです。
基本的にWanderlustは外部プロセスを使わない設計になっていますので、Meadow/Emacsさえ導入していれば何とかなるのが利点じゃないかなと思います。(特にWindowsは元々標準入出力をパイプで繋いで色々やるように出来ていないのを引きずってますから)

＞Wanderlustのアーカイブフォルダ形式
不勉強なもので、そんな形式も扱えるとは知りませんでした＞Wanderlust
なるほど、これはたしかに便利そう。ちと調べてみないと、ですな…

とはいえたしかに、ファイルが壊れた時のダメージを考えると、アレですね…
http://home.riise.hiroshima-u.ac.jp/~nagato/man/sylpheed/mh.html

といっても、自分が現在使ってるOE6も、1フォルダ1ファイルで扱ってるし。
そのへんの危険性は、今までと大して違いはない、とも言えそうですね。

やっぱり、WinとLinuxでメーラ関連を共通にしようとすると、
Wanderlust（あるいはMew）しかない感じかなぁ…