UNIX圏のソフトはホームディレクトリの直下に.hogehogeというファイルを作って設定ファイルなどにするので、私はこんな設定をシステム環境変数に突っ込んでます。
SET HOME=%HOMEDRIVE%%HOMEPATH% または SET HOME=%USERPROFILE% です。NT族の各ユーザのフォルダと共有させて見てますです。
あと、Meadow(Emacs)の初期設定ファイル(.emacs)の中で
(setq exec-path (cons "c:/cygwin/bin" exec-path))
(setenv "PATH" (concat "C:\\cygwin\\bin;" (getenv "PATH")))
のように設定するとシステム側の環境変数を汚さずにMeadowの中だけ異なる実行ファイルへのパス情報を持たせられますよ