なるほどなぁ…Perlのバージョンも関係してくる可能性があるのか…
それは気づきませんでした。うっかりしてた。

Y氏に渡した確認スクリプトに、
Perlのバージョン表示も入れておけば良かったです。ちと失敗。

でも、幸い、該当サーバのPerlのバージョンはそれほど古くなさそうですね。
と言うのも、Y氏に渡した確認スクリプト中に、
自分、うっかり my を入れちゃってたんですが、
それでもちゃんと動いてるっぽいんで…
http://www.graco.c.u-tokyo.ac.jp/~nishi/programming/perl/my.html
↑によると「Perl5 から my が導入された」とあるので、
Perlのバージョンが古ければ、
件のスクリプトはそもそも動作しないのではないか、と思えました。

それと、件のスクリプトの表示結果からすると、
該当サーバ上でのJST-9指定はちゃんと有効になってるみたいです。
しかしそうなると、自分の予想は見事外れてしまったわけで。
うーむ、一体どこにバグが潜んでいるのやら…
とにかくソースを眺めてみないとだなぁ…