MH形式ですと、1メール=1ファイルなので、inodeやFATのエントリを簡単に使い果たすのは全くその通りなので、Wanderlustのアーカイブフォルダ形式はなかなか使えるかと。MH形式の変形なので、MH形式に戻すのも簡単ですし。
MHですと フォルダ/1 フォルダ/2 とメールが保存されていますが、アーカイブフォルダ形式ですと フォルダ名.zip　になっていて、その中に 1 2 3 とメールが保存されていますのでディスクエントリの節約になります。
大量のファイルが格納されているZIPファイルを操作すると読めなくなることがありますが、ZIP形式にはcenter recordが壊れやすいという宿命があるらしく、修復するツールやcenter recordで無いファイル名を格納しているrecordを読んで展開するアーカイバなどを使うと直せるようです。
基本的にWanderlustは外部プロセスを使わない設計になっていますので、Meadow/Emacsさえ導入していれば何とかなるのが利点じゃないかなと思います。(特にWindowsは元々標準入出力をパイプで繋いで色々やるように出来ていないのを引きずってますから)