はじめまして。私もAzPainterをWindows版の頃から使っておりまして、
今回Ver3.0.0からUbuntu18.04 LTSでインストールが出来ず、困っておりました。
こちらの日記を拝見して、同じ症状だと思い、諦めておりました。

ところが先程3.0.4になって試しにmakeしてみたところ、エラーが出なくなり、
インストール出来るようになりました。
ChangeLogを見ると、以下の変更があっており、これが効いているように思いました。
>- configure の変更。
>FreeType ライブラリにバリアブルフォント関連の関数がない場合、機能を無効にするようにした。
日記を拝見したところ、エラーもFreeType ライブラリ関連だったようです。
もしまだ3.0.4をインストールされていないようでしたら、
試してみてはいかがでしょうか。